כששלמה המלך צפה שבית המקדש עתיד להיחרב, הוא בנה מעברים תת קרקעיים עמוק מתחת לרצפת בית המקדש. זאת כדי שבמקום זה יגנזו את הארון, כך שלעולם לא יוכלו לגעת בו או לקחתו.
 
בבית המקדש השני (בשונה מבית המקדש הראשון), הארון לא היה מונח בקודש הקודשים. עם זאת, אף על פי   שנגנז, המשיך הארון להשפיע גם שהיה מתחת לפני השטח
 
בשונה מהכלים שנבזזו ומבית המקדש שנחרב כולו, הארון נשאר בשלמותו גנוז במעמקי האדמה ויד אדם לא נגעה בו  
 
בתוך הארון היו מונחים הלוחות עליהם היו חקוקים עשרת הדיברות. שלא כמו אותיות הכתיבה בהן הדיו והנייר הינם דברים נפרדים, אותיות החקיקה הן חלק בלתי נפרד מהאבן עליה נרשמו.
 
ברבדים החיצוניים יותר של הנשמה אנחנו מתחברים לקב"ה דרך ההתבוננות והמחשבה ובעזרת המצוות, וזאת בדומה לחיבור של אותיות הדיו על הנייר. הארון מסמל את עצם הנשמה. ברובד פנימי זה אנחנו והקב"ה זה דבר בלתי נפרד, בדומה לאיחוד של האותיות החקוקות על הלוחות.
 
לעיתים עלולים לנסות להשתלט על בית המקדש הפנימי שלנו, הכוחות והתאוות של הנפש הבהמית, ובכך לשחוק את הרובד החיצוני של החיבור שלנו עם הקב"ה. אך בתוך תוכנו, ברובד הפנימי ביותר של הנשמה, לעולם עומדת ה'יחידה', שהיא אחד תמיד עם הקב"ה ובה אף אחד לא יכול לגעת.

החלק התחתון של המזבח קרוי יסוד. היסוד הקיף את המזבח בצד הצפוני ובצד המערבי שלו, ובלט
באורך אמה אחת בצידו הדרומי ואמה אחת בצידו המזרחי.
מדוע היסוד לא המשיך להקיף גם את כל הצד הדרומי והצד המזרחי של המזבח?
 
בית המקדש ובתוכו המזבח, היו בנויים על שטח נחלתו של שבט בנימין. כאשר יעקב בירך את השבטים, בנימין תואר כ"זאב טורף". ברכה זו נמשלה למזבח שהיה מעכל את הקורבנות כמו זאב שטורף את טרפו.
גבול נחלתו של שבט יהודה עבר דרך העזרה שבה עמד המזבח.
 
חז"ל מלמדים אותנו שבנימין צפה ששבט יהודה יקבל נחלה שתכלול את הפינה הדרום מזרחית של המזבח.
בנימין היה מוטרד מכך, והתפלל לקב"ה בבקשה שהמזבח כולו יהיה בתחום נחלתו שלו.
 
בזכות התשוקה הרוחנית של בנימין לנחול את כל מקום המזבח, הוא זכה שבנחלתו בלבד יבנה בית המקדש, מקום השכינה. זו הסיבה שהיסוד היה חסר בחלקו הדרומי ובחלקו המזרחי, וכך המזבח כולו היה תחת נחלתו.
 
כאשר בוערת בנו תשוקה רוחנית אמתית להתקשרות עם הקב"ה, ואנו מוטרדים מהחיסרון של קשר זה בחיינו,
כשנשאף באמת ונתפלל על כך, הקב"ה יעניק לנו את הקשר הרוחני לו אנו מייחלים. ​

בשונה משאר הכלים בבית המקדש, הכיור שימש להכנה לעבודה בלבד (ולא לעבודה עצמה). בנוסף, היה זה הכלי הראשון בו השתמשו כל יום. כהכנה לעבודה, היו נדרשים הכוהנים לשטוף את כפות הידיים והרגליים. ללא הכנה זו, עבודתם הייתה נפסלת.
 
בית המקדש היה מחולק לשלושה אזורים עיקריים. עזרה (חצר), קודש וקודש הקודשים. אזורים אלה והעבודה שהתבצעה בתוכם, מייצגים שלושה שלבים בהתעלות הרוחנית ובקשר עם הקב"ה.
 
העזרה בבית המקדש היא האזור הראשון אליו נכנסים במעבר בין ה"רחוב" להתעלות הרוחנית המתרחשת בתוך בית המקדש. העזרה, בדומה לחצר היא המקום בו מתארגנים לקראת הכניסה לקודש, ותכלית הכניסה לקודש היא ההגעה לקודש הקודשים. גם הכיור שהוא הכלי המשמש להכנה, היה ניצב בעזרה.
 
כך גם בחיינו, בטרם הכניסה לבית, אנו מנגבים את הרגליים המלוכלכות בשטיח הכניסה. זאת כדי שלא נלכלך את הרצפה בבוץ ובלכלוך המגיעים מהרחוב. ללא הימצאות שטיח הכניסה, גם הבית היפה ביותר יקבל במהרה חול ועפר מהרחוב.
 
כאשר אדם מחליט לעזוב את ענייני הרחוב, ומחפש להיכנס לתוך תהליך של התעלות רוחנית, הדבר הראשון שנדרש ממנו, הוא לשטוף ולהוריד את הלכלוך והרושם שהיה עלול להידבק אליו בזמן שהותו ברחוב. אדם צריך להיפטר מהשקפות והתנהגויות המנוגדות לקדושה שהעולם הכתיב לו עד עתה. לא ניתן להגיע להתעלות רוחנית אמתית כאשר אלו עדיין בתוקפן ומהוות חוצץ.
 
רק לאחר היטהרות זו, אנו יכולים להתחיל את העבודה עם הכלים. על ידי תורה ותפילה אנו מסוגלים לטפס במעלות הקדושה ולהגיע לטהרה מוחלטת.

 
אחד השמות המשמשים לתיאור "חדר ההורים" הוא קודש הקודשים, המקום הקדוש ביותר בבית המקדש.
 
בביתם, בחדרים השונים גבר ואישה מתנהגים בדרך האופיינית אל החדר בו הם נמצאים.
אך בחדר ההורים הם מביעים וחווים את החיבור הייחודי ביניהם באופן העוצמתי ביותר. בחדר זה הם הופכים להיות אחד, שום דבר מבחוץ לא תופס מקום עבורם, מלבד הקשר ביניהם.
 
מטרתו העיקרית של בית המקדש היא שלקב"ה יהיה מקום לשכון בתוך היהודים, "ועשו לי מקדש ושכנתי בתוכם". הקשר העוצמתי בין הקב"ה לעם היהודי נמשל לקשר שבין גבר לאישה.
 
הקב"ה והעם היהודי מתאחדים דרך העבודות באולם ובחדרים השונים בבית המקדש.
עם זאת, האיחוד העוצמתי בין הקב"ה לכלתו כנסת ישראל, הוא האיחוד המתרחש בקודש הקודשים.
 
כמו בקודש הקודשים הנמצא בתוך תוכו של בית המקדש, כך גם בעצם הנשמה שהיא קודש הקודשים שבתוכנו, מתקיים החיבור המוחלט עם הקב"ה.
 
הזמן היחיד בשנה בו התאפשרה גישה לקודש הקודשים הייתה ביום הכיפורים. ביום זה אנחנו מגיעים לאחדות נפלאה עם הקב"ה. עבודתנו בשאר ימות השנה היא לחיות עם איחוד זה, ולהמשיך זאת בחיי היום-יום של כל אחד ואחת מאיתנו.